《公平竞争审查制度实施细则》明确了公平竞争审查的基本流程。具体来说就是“三步走”：一是识别是否需要审查。如果涉及市场主体经济活动则需要审查；不涉及则不需要审查。二是核对是否违反审查标准。对照审查标准逐一核对政策措施的具体内容，如果认为不违反任何一项标准则审查完毕；认为违反任何一项标准，则需要详细说明违反哪一项标准，具体分析对市场竞争的影响。三是判断是否适用例外规定。对于违反相关审查标准的政策措施，并不意味着不能出台，而是需要进一步判断是否适用例外规定。认为适用例外规定的，应当充分说明理由，并在政策措施出台后逐步评估实施效果；认为不适用例外规定的，则不予出台或者修改调整。经修改调整的政策措施，应重新进行公平竞争审查，直至不违反任何一项标准为止。
政策制定机关在公平竞争审查中应当严格履行征求意见程序。根据《国务院关于在市场体系建设中建立公平竞争审查制度的意见》要求，开展公平竞争审查应当征求利害关系人意见或者向社会公开征求意见。这一程序要求的目的：一是发挥社会监督作用，督促政策制定机关认真开展公平竞争审查；二是广泛听取各方面意见，尤其是利害关系人的意见，保障审查结论的准确性。利害关系人指参与相关市场竞争的经营者、上下游经营者、消费者以及政策措施可能影响其公平参与市场竞争的其他市场主体。征求意见的情况应当在书面的审查结论中予以说明。
政策制定机关开展审查要形成书面的审查结论。根据《国务院关于在市场体系建设中建立公平竞争审查制度的意见》和《公平竞争审查制度实施细则》规定，未形成书面审查结论的，视为未进行公平竞争审查。为规范审查结论形式，政策制定机关统一使用“公平竞争审查表”。“公平竞争审查表”体现了审查工作的全要素、全流程，包括文件名称和性质、起草机构、审查机构、征求意见情况、核对标准情况、总体审查结论、是否适用例外规定等。审查工作人员逐一填写上述信息，提交审查机构主要负责人签字后，随其他材料一并履行发文程序。政策措施出台后，“公平竞争审查表”随相关材料存档备查。通过推广使用“公平竞争审查表”，进一步规范审查工作，强化程序约束，保障审查质量和效果。
